En 1927 doce congregantes de la Sección Mayor de la Congregación de María Inmaculada y San Luis Gonzaga fundaron la Cofradía de penitentes de El Silencio de Montesión.
La Congregación de María Inmaculada y San Luis Gonzaga constituyó en su seno dos secciones: los “Luises” para los jóvenes y los “kostkas” para los adolescentes, es decir, la sección mayor y la sección menor. Y fue por consiguiente la sección mayor, la de los jóvenes, la que fundó una Cofradía de penitentes.
Desde un primer momento el simbolismo estuvo presente en la idea fundacional: doce penitentes como los doce apóstoles, acompañaban la imagen del Cristo de la Sangre por las calles de Palma, bajo la prohibición absoluta de hablar y vistiendo un luto riguroso, como lo atestigua una vesta de raso con faja y puños de terciopelo, con capa de largo arrastre, capirote también negro, con el escudo en el pecho.
En los años iniciales se planteó la construcción del paso de la Piedad, si bien la Guerra Civil truncó este proyecto sin que se volviera a recuperar.
En abril de 1946 la Asamblea General de la Cofradía acordó solicitar al arquitecto José Ferragut Pou que presentara unos diseños para la confección de dos faroles artísticos, que se estrenaron en las procesiones del año siguiente.
Asimismo, el Consejo Rector de la Cofradía acordó en 1950 la construcción de una Cruz de Penitencia, que encargó al carpintero Sr. Mut, aunque en otras fuentes se atribuye la Cruz al Sr. Pastor. Esta Cruz era portada por turnos por todos los Cofrades durante la procesión.
En esa misma fecha se encargó la fabricación de dos faroles dorados con el anagrama de las Congregaciones Marianas, al escultor Juan Serra. El Jueves Santo de ese mismo año fueron estrenados ambos ornamentos.
Desde su fundación la Cofradía de penitentes tuvo su sede en la propia de la Congregación Mariana, que se encontraba en la calle Zavellá, 19 de Palma. Posteriormente la Congregación se trasladó a su domicilio actual de la calle Apuntadores, de manera que la Cofradía mudó su sede con ella.
En 1987, a iniciativa del P. Vicente Almiñana, SJ, a la sazón director de la Congregación, la Cofradía se separó de la Congregación para trasladar su sede a la Iglesia de Montesión, de la calle Montesión, 24 de Palma.
